Естественно, антибиотики применяются для лечения бактериальных инфекций, но…
Существуют антибиотики, не путать с химиотерапевтическими преператами, которые оказывают противовирусную активность (применяются в онкологии и в общей терапевтической практике не нашли широкого применения).
С другой стороны, существуют разнообразные схемы( методики) назначения антибиотиков, которые отличаются в зависимости от терапевтических школ.

проблемы - они не четко обозначены. Их, как минимум 3.
1 и самая важная, первичное назначение антибиотика идет без результатов чувствительности (анализ на чувствительность можно получить только через неделю, и это обусловленно спецификой роста микроорганизмов)
2 проблема - это с одной стороны назначение препаратов с разными официнальными названиями, но содержащими одинаковое действующее начало, с другой стороны - назначение без учета сложного взаимодействия между антибиотиками, химиотерапевтическими и прочими препаратами + недооценка влияния на эффективность антибиотиков внутреннего РН организма.
3. проблема - наличие на фарма рынке препаратов-подделок, которые имеют лишь следы действующего вещества, которые не могут оказать требуемое действие. Это приводит к привыканию микроорганизмов.